Mikołajki usytuowane są w centrum unikatowego w Europie szlaku wodnego o długości 150 km, tworzonego przez skupienie dużych, naturalnych zbiorników wodnych połączonych licznymi rzeczkami lub kanałami ? na wąskim przesmyku łączącym jeziora Tałty i Mikołajskie. To właśnie malownicze położenie zyskało Mikołajkom nazwy Mazurska Wenecja lub Perła Mazur.
